רפאל כהן הוא בעל תואר מוסמך (שני) במדעי הרוח, בחוג למחשבת ישראל והיסטוריה של עם ישראל באוניברסיטה העברית. עוסק זה למעלה משלושים שנה בחקר כתבי יד עבריים. פרסם עשרות מחקרים המבוססים על כתבי יד עבריים, כולל מהדורות מדעיות של כתבי יד עבריים עם מבוא, מראי מקומות והערות וחילופי נוסחאות. התמחותו כוללת גם את ההיסטוריה של עם ישראל, ובפרט את תקופת חז"ל ותקופת ימי הביניים. נחשב לאחד המומחים הגדולים בעולם לכתבי יד עבריים.