אמי בוגנים עוסק בחינוך ובמחשבת ישראל. הוא חקר את תחום הכשרת האליטות המקצועיות ונמנה עם מקימי בית-ספר למנהיגות חינוכית של מכון מנדל. הוא היה בין הראשונים בישראל שעסק במשנתו של עמנואל לוינס, וייחד את עבודת הדוקטורט שלו לתגובתו לאלילות המתחדשת של מרטין היידגר.

בצרפתית, פרסם ספרים על שפינוזה, וולטר בנג'מין, הרמן כהן, פרנץ רוזנצוויג, לאו שטראוס ועוד. בעברית פרסם "עמיות יהודית בעידן של גלובליזציה," "פגישה עם מחנך," ועוד.