אלמגור כתבה חמישה ספרי ילדים ונוער וכן אוטוביוגרפיה. ספרה הראשון היה "הקיץ של אביה", אשר יצא לאור בשנת 1986 (הוצאת עם עובד), ובו תיארה את ימי ילדותה וגדילתה לצד אם בעלת ליקוי נפשי. בשנת 1992 פרסמה את ספר ההמשך, "עץ הדומים תפוס" (עם עובד), בו תיארה את ימי נעוריה בפנימיית הדסים לצד נערים ניצולי שואה. ספרה הבא, "אלכס לרנר דפי ואני" (עם עובד, 2002), מספר על חברות בין שלושה ילדים, שני בנים ובת, שמתמודדים עם אהבה, התבגרות והתמודדות עם מחלה קשה. 

בספר "ערגה, ילדה מן החלומות" (עם עובד, 2003) מביאה אלמגור את סיפור חייה ותחושותיה של ערגה, ילדה מאומצת מוייטנאם.

 בשנת 2010 התפרסם ספרה האוטוביוגרפי, "כוכבים יש רק בשמיים", בהוצאת ידיעות ספרים.