חיים הרצוג נפטר ב-17 באפריל 1997, י' בניסן ה'תשנ"ז, בגיל 79. הלוויתו נערכה בחלקת גדולי האומה בהר הרצל, שבירושלים. הותיר אחריו את אשתו אורה (אחותה של סוזי אבן - אשתו של אבא אבן) ואת ארבעת ילדיו: יואל (הנשוי לבתו של המיליארדר נסים גאון מז'נבה), תא"ל מיכאל (מייק) (לשעבר מזכיר צבאי לשר הביטחון מופז וראש המטה של אהוד ברק), יצחק (חבר הכנסת, יו"ר האופוזיציה ושר בממשלות ישראל) ורונית (פסיכולוגית קלינית).