על אף שמבחינת גילו שייך קניוק לדור הפלמ"ח, הרי שמבחינה ספרותית נהוג לזהותו עם ספרות דור המדינה שראשיתה בשנות ה-60 של המאה ה-20, השנים שבהן החלה יצירתו לפרוח. ספריו על-פי רוב כתובים בטכניקה של זרם התודעה. לעתים קרובות כתיבתו נעה בין הממשי להזוי, בין המיתוס לבין החוויה. לצד זאת, ניתן לזהות בכתיבתו ערבוב מתמיד בין רומנים בדיוניים ובין כתיבה ביוגרפית ואוטוביוגרפית. בראשית דרכו הספרותית פרסם קניוק סיפורים קצרים, וב-1963 הוציא את ספרו הראשון בעברית, קובץ הסיפורים "היורד למעלה" (ספר זה פורסם עוד קודם לכן באנגלית).

את כתיבתו של קניוק ניתן לחלק לשלוש סוגות עיקריות: רומנים בדיוניים ארוכים, נובלות וסיפורים קצרים, וכתיבה ביוגרפית ואוטוביוגרפית. עם זאת, אין החלוקה ברורה, בעיקר בגלל סגנון כתיבתו של קניוק ששובר בהתמדה את ההבחנה בין דמיון ומציאות. ספריו של קניוק, שזכו בפרסי ספרות רבים, תורגמו לעשרים שפות. בעבר עסק קניוק גם בכתיבת מאמרים פובליציסטיים.