אלכסנדר רוֹיְפֶר נולד ב-1932 בפיזה שבאיטליה לד"ר ג'ורג'ו (צבי גֶרְשׁ) רופאר (רוֹיְפֶר) (1900–1938), שהגיע לאיטליה מבסרביה, ולמטילדה לבית גאליקי (Gallichi), יהודייה איטלקייה. אביו היה פעיל ציוני, ולאחר כהונתו של אריה ליאונה קארפי כנציב בית"ר באיטליה, מילא האב תפקיד זה בשנתיים האחרונות לחייו. במסגרת תפקידו כנציב בית"ר באיטליה היה צבי רופאר אחראי גם על בית הספר הימי של בית"ר בצ'יוויטווקיה (Civitavecchia). בית הספר הכשיר חובלים, וצבי רופאר יזם את הקמתה של מגמת דיג ואף רכש מכספו שתי ספינות דיג. לפני מותו, בקיץ 1938, ציווה לאשתו לקחת את הילדים ולעלות לארץ ישראל. בסתיו 1939 הגיעה המשפחה ארצה.

 

את רוב לימודיו עשה רופא בארץ ישראל: בתי ספר יסודיים בתל אביב, רמתיים, רמת-גן; ובגימנסיה "אהל שם" ברמת-גן. היה חניך ומדריך בתנועת הצופים. עבר הכשרה חקלאית בקריית ענבים. בצבא שירת בחטיבת ירושלים והשתתף במלחמת ששת-הימים. בשנת 1951 נרשם ללימודים במקרא ובהיסטוריה של עם ישראל באוניברסיטה העברית. למד מקרא אצל מ"ד קאסוטו, יחזקאל קויפמן, יצחק אריה זליגמן, ש' טלמון, מאיר וייס, מ' הרן, ש"א ליונשטם; היסטוריה של תקופת המקרא עם ב' מזר, אברהם מלמט; אשורולוגיה עם חיים תדמור; לשון עברית עם נ"ה טור-סיני, י' קוטשר, ז' בן-חיים, ש' מורג; מדע הדתות עם דוד פלוסר, רי"צ ורבלובסקי. כתב עבודת דוקטור בנושא "האמונה במלאכים במקרא" בהדרכת י"א זליגמן והוסמך בשנת 1970.

 

מאז שנת 1959 לימד רופא במוסדות האקדמיים הבאים: האוניברסיטה העברית בירושלים, המכון האוניברסיטאי בחיפה, אוניברסיטת פנסילבניה בפילדלפיה, אוניברסיטת בן-גוריון בנגב, אוניברסיטת ייל (ניו הייבן), אוניברסיטת פירנצה (איטליה), בית המדרש לרבנים של התנועה המסורתית בניו יורק, האוניברסיטה ההומאניסטית במוסקבה, היברו יוניון קולג' בסינסינטי, המכון האפיפיורי למקרא ברומא, המכון לחקר הביבליה של האבות הפרנציסקנים בירושלים, אוניברסיטת סאו פאולו (ברזיל), המרכז האוניברסיטאי אריאל בשומרון, הסמינר התאולוגי של סיציליה (פלרמו). כן הוזמן להרצאות אורח באוניברסיטאות: תל אביב, בר-אילן, רומא, פיזה, טורינו, האוניברסיטה הקתולית (מילאנו), ונציה, קטאניה (סיציליה), הסורבון (פריז), גטינגן, מרבורג וטיבינגן (גרמניה), קולומביה (ניו יורק), ברנדייס (מסצ'וסטס), אינדיאנה (בלומינגטון).

 

רופא פרש מן ההוראה באוניברסיטה העברית בשנת 2000 בדרגת פרופסור מן המניין. שימש פעמיים כראש החוג למקרא וכן שימש יועץ אקדמי מטעם האוניברסיטה העברית לבית הספר להשתלמות מורים בתל אביב.

 

בין השנים תש"ם–תשמ"ו ערך את סדרת המחקרים "עיונים במקרא ובתקופתו", כרכים א'–ד'. בין השנים תשנ"ה–תשס"ט ערך את כתב העת "טקסטוס", מחקרי מפעל המקרא של האוניברסיטה העברית, כרכים י"ח–כ"ד.

 

בשנת 1954 נשא לאישה את אסתר קֶסְלֶר. נולדו להם ארבעה ילדים ונכדים ונינים.