נולד ב־ 1935 בקיבוץ עין־שמר. בצעירותו למד פסנתר וחצוצרה בעודו משתלב בעבודות המשק. ב־1958 עבר לירושלים והוא בן עשרים ושלוש. למד קומפוזיציה עם התמחות בפסנתר באקדמיה למוזיקה ע"ש רובין בירושלים, שר במקהלת "קול ציון לגולה" (שסונפה לימים לתזמורת רשות השידור), והשתלם בפילוסופיה אצל פרופ' ישעיהו ליבוביץ ופרופ׳ מרסל דיבואה. בשנות השישים והשבעים פיתח תיאוריה מוסרית חדשה, שהציג בשני ספריו הראשונים - "אין רשעים בעולם" (1968) ו"המוסר החברתי מול המוסר הקיומי" (1975), ובמקביל עבד ב"קול המוזיקה" כמפיק סרטוני הקלטות קונצרטים.

יונה אלון פרש מעבודתו בשנת 1987 ועסק ביצירה עד למותו ביוני 2013. שלוש־עשרה שנה השקיע בשוטטויות ביער ירושלים. ושלוש־עשרה שנה הלך מדי יום ביומו לספרייה הלאומית בגבעת רם כדי לכתוב. הוא פרסם שבעה קובצי שירה בהוצאה עצמית, אך את מרבית שנותיו האחרונות השקיע בכתיבת קטעי פרוזה קצרצרים ב־ 28 מחברות, שאת ה"בציר" הראשון שלהן אנו גאים להציג ב"כך ישאר לעולם". זהו ספרה העברי המקורי הראשון של הוצאת תשע נשמות. ובכוונתנו להמשיך לפרסם מכתיבתו של יונה אלון בכל שנה ושנה.

נפטר ב- 29 ביוני 2013.