ד"ר שלמה ישי משמש כמרצה ומעביר סדנאות במסגרת המכון להכשרת הסגל בחיל האוויר החל משנת 2006. בשנת 2011 הצטרף לצוות ההקמה של בית הספר לפיקוד ומנהיגות של חיל האוויר, ועמד בראש הצוות שעסק בפיתוח הערכי. לאחר שהציג את רציונל הפיתוח שלו למפקד בית הספר, התבקש שלמה ישי להחיל את רציונל זה על כלל הפעילות של בית הספר לפיקוד ומנהיגות. מתוך כך החל להוביל את הצוות שגיבש את רציונל הפיתוח המנהיגותי של בית הספר כולו בשיתוף עם מפקד בית הספר סא"ל גולן יאיר וצוות הפיקוד של בית הספר. לאחר בניית ההתאמות לצרכיו המיוחדים של חיל האוויר התקבל הרציונל שהוביל ד"ר שלמה ישי כתשתית הפיתוח של בית הספר לפיקוד ומנהיגות של חיל האוויר.

כמו כן עומד ד"ר שלמה ישי בראש התוכנית להכשרת מנהלים במכללת הרצוג גוש עציון החל משנת 2010. בשנים 2007-2011 עמד בראש הקמפוס של מכללת הרצוג במגדל עוז, ופיתח אותו מקמפוס המונה 100 לומדות, לקמפוס של מעל 600 לומדות לתואר ראשון ושני בחינוך.