מרדכי מנחם קפלן נולד בליטא ב-11 ביוני 1881. בגיל צעיר היגר עם משפחתו לארצות הברית, נשלח לישיבות בניו יורק וזכה לחינוך מסורתי אך פתוח. את השכלתו הרבנית רכש בסמינר היהודי התאולוגי (JTS), אז מוסד צעיר לימים שהיה קרוב יותר לזרם האורתודוקסי. 

קפלן שימש בתפקידי רבנות אורתודוקסית במנהטן ובמקומות נוספים, אך בהדרגה חש התרחקות פנימית ממסגרות האמונה וההלכה. הוא נענה להזמנתו של שניאור זלמן שכטר, חוקר הגניזה הידוע שהקים מחדש את הסמינר התאולוגי לרבנים (JTS) וביקש לכלול בו אף אגף להכשרת מורים. 

קפלן קשר את גורלו עם המוסד הזה, שהפך למוסד המרכזי של היהדות הקונסרבטיבית בארצות הברית ונהיה לאחד מבכירי המורים בו, אולם בשלב מסוים החליט לעזוב את המוסד והקים בפילדלפיה את בית המדרש הרקונסטרקטיוניסטי שנהיה למרכזה הרוחני של התנועה ליהדות רקונסטרקטיוניסטית. 

מרדכי קפלן נפטר בשיבה טובה בגיל 102, ב-8 בנובמבר 1983.