ד"ר דפנה שרפמן פרסמה ספרים בנושאי זכויות אדם, מגדר, דו קיום היסטורי בחיפה, מלחמת העולם השנייה ועלייה ב'. ביניהם:
דפנה שרפמן (1999) (עורכת) אור לגויים: מדיניות החוץ של ישראל וזכויות האדם. תל אביב: הקיבוץ המאוחד קו אדום.
דפנה שרפמן, אלי נחמיאס (2006) (עורכים) תה על מרפסת הקזינו, דו קיום בחיפה בתקופת המנדט הבריטי. חיפה: משפטון.
דפנה שרפמן (2020) עליה ב' מאיטליה 1948-1945: העפלה, דיפלומטיה, וזכויות אדם. חיפה: מוסד הרצל לחקר הציונות, אוניברסיטת חיפה.