ערב מלחמת ששת הימים. לילי בוכמן התל אביבית, בתם של אלגרה (ממשפחת אלפסי) וטוביה (האשכנזי היחיד במשפחה), נשלחת לבית דודיה בעיר קטנה במרכז הארץ. דווקא כשכולם מתכוננים למלחמה, ההורים שלה מחליטים לנסוע לחו"ל, כי אבא שלה חייב לקבל מסז'ים בבאדן באדן, ולכן הם מבקשים ממלכה ומוריס, הדודים של לילי וההורים של שחר, שישמרו עליה. וכשכולם בטוחים שתכף יגיע הסוף של מדינת ישראל, ללילי הסקסית לא אכפת והיא ממשיכה להראות את הציצים והתחתונים שלה לבנים שסביבה ולשאול אם הם יפים. כולם מסוחררים מלילי, כולל דוד סמי, האח של מלכה, והחברים של שחר בן השתים-עשרה. אבל לילי שומרת "את מה שחשוב באמת" למיקו, זמר מפורסם עם גיטרה אדומה ולמברטה. וכשמלחמת הבזק מסתיימת בניצחון גדול, נדמה שהכול יחזור לשגרה, עד שלילה אחד קורה במקלט הבניין של משפחת אלפסי משהו נורא, גורלי. משהו ששחר מבטיח ללילי לא לגלות לעולם.

מרגע זה והלאה מסופרות תולדות המדינה לאורך ארבעה עשורים מנקודת מבטה של משפחה מזרחית שצמחה בפריפריה והיתה נאמנה לליכוד: החל בשמחה האדירה על הניצחון הסוחף במלחמת ששת הימים והאופוריה שהוליד הניצחון של מכבי תל אביב על צסק"א מוסקבה, דרך המהפך הדרמטי שהוביל מנחם בגין ומשבר המניות שריסק משפחות רבות, וכלה במלחמת המפרץ ובולמוס הנדל"ן של שנות האלפיים. חיי משפחת אלפסי נעים בין חגיגות פוליטיות לצרות פרנסה, בין שמחות לאסונות – כשמתחת לפני השטח טמון סוד אחד גדול.

"בת דודתי לילי" הוא סיפור על חטא קדמון. המחבר איל חלפון שוזר בסיפורו רגעים פוליטיים, וטווה מחומריו העסיסיים רשת של קורים המחברת בין האישי לבין הציבורי, בין התשוקה לבין החטא, בין תאוות השררה לבין השאיפות האישיות, בין האמת לבין הנסתר. זהו סיפורה של מדינת ישראל כפי שהיא נראית מבעד לעיניה של משפחה אחת, שמנסה להשלים עם תהפוכות החיים, גם אם לשם כך עליה לעצום עיניים.

הרומן שכתב התסריטאי והבמאי איל חלפון ("קרקס פלשתינה", "מלחמת 90 הדקות") מסופר בשלושה קולות, אבל יש בו עוד שתי גיבורות: ההיסטוריה המפותלת של מדינת ישראל, והמשפחה המזרחית ששיני הזמן לא חסות עליה. קץ התמימות הוא אפוא ההגדרה הקולעת ביותר לשני צירי העלילה, המשפחתי והלאומי.